Функция setup() вызывается при запуске скетча. Используйте ее для инициализации переменных, режимов контактов (pin),  библиотек и т.д. Функция setup() запускается только один раз, после каждого включения питания или сброса платы Arduino.

Пример

int buttonPin = 3;

void setup()
{
 Serial.begin(9600);
 pinMode(buttonPin, INPUT);
}

void loop()
{
 // ...
}

Справочник

Материалы взяты с официального сайта проекта Arduino и представлены по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License.